PT Pelayaran Nasional Indonesia (Pelni) Cabang Ambon memperkirakan puncak arus mudik di Pelabuhan Ambon akan terjadi pada 26 Maret 2025. Jumlah penumpang diperkirakan mencapai 44.100 orang, meningkat 10 persen dari periode mudik Lebaran 2024. Hal ini disebabkan oleh penetapan libur nasional Idul Fitri pada 31 Maret dan 1 April 2025, serta cuti bersama tanggal 2, 3, 4, dan 7 April 2025. Puncak arus balik ke Pelabuhan Ambon diperkirakan terjadi pada 7 April 2024.
Lonjakan jumlah penumpang juga dikarenakan minat masyarakat menggunakan moda transportasi laut yang terjangkau di wilayah kepulauan Maluku. Tiket pelayaran kapal Pelni dari Pelabuhan Ambon sudah habis terjual hingga jadwal terakhir 24 Maret 2025. Untuk memperlancar arus mudik Lebaran 2025, pihak Pelni Ambon gencar berkoordinasi dengan unsur kemaritiman lainnya.
Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan (KSOP) kelas I Ambon tengah melakukan pengecekan fasilitas pelabuhan untuk memberikan kenyamanan kepada calon penumpang. Pedagang asongan tidak diizinkan naik ke kapal untuk berjualan guna memberikan kenyamanan pada penumpang. Pelni telah menyesuaikan rute 19 kapal selama angkutan Lebaran 2025 dan menyiapkan 60.212 kursi dengan 781.723 tiket. Selain itu, Pelni juga mengimbau penumpang untuk “check-in” di Pelni Mobile guna mencegah antrean yang panjang.